O MEF – Percolação é um módulo utilizado para analisar o fluxo de água (percolação), constante ou transitório. Dadas as propriedades dos materiais e as condições iniciais de fronteira do modelo, o programa computa a evolução, ou o estado constante, da distribuição da pressão nos poros, o grau de saturação em zonas não saturadas, a velocidade de percolação e o caudal afluido/escoado através do modelo. As condições resultantes do nível freático podem ser importadas para análises de tensão-deformação. O MEF – Percolação é uma extensão do programa  MEF para a análise de problemas geotécnicos.